После обновления Skype для Linux с версии 4.2.0.13 на версию 4.3.0.37 я не смог подключаться со старыми профилями. Skype вываливается по segmentation fault. Если создать новы профиль то скайп работает. Но хотелось сохранить историю чатов. Мне помогло удаление из базы истории загруженных файлов.
$ sqlite3 ~/.Skype/[skypeusername]/main.db sqlite> delete from Messages where type=68; sqlite> .quitВнимание!Предварительно нужно сделать резервную копию всего профиля.